Муниципальное дошкольное образовательное учреждение Тогучинского района Тогучинский детский сад № 2 «Дюймовочка» комбинированного вида было создано путем реорганизации муниципального образовательного учреждения для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей Тогучинского района - Тогучинский дошкольный детский дом на основании постановления Главы Тогучинского района от 04.07.2008 года № 692 «О реорганизации муниципального образовательного учреждения для детей- сирот и детей, оставшихся без попечения родителей Тогучинского района-Тогучинский дошкольный детский дом в форме преобразования в муниципальное дошкольное образовательное учреждение Тогучинского района Тогучинский детский сад № 2 «Дюймовочка» комбинированного вида». На основании Постановления Главы Тогучинского района от 05.08.2009 № 689 «О внесении изменений в Устав муниципального дошкольного образовательного учреждения Тогучинского района Тогучинского детского сада №2 «Дюймовочка» комбинированного вида» Учреждение переименовано в муниципальное бюджетное дошкольное образовательное учреждение Тогучинского района Тогучинский детский сад №2 «Дюймовочка» комбинированного вида.
На основании Постановления администрации Тогучинского района от 24.07.2015 №705 «О внесении изменений в Устав муниципального бюджетного дошкольного образовательного учреждения Тогучинского района Тогучинского детского сада №2 «Дюймовочка» комбинированного вида" Учреждение переименовано в муниципальное бюджетное дошкольное образовательное учреждение Тогучинского района «Тогучинский детский сад № 2».
На основании постановления администрации Тогучинского района Новосибирской области от 14.10.2016 г. №772"О реорганизации МБДОУ Тогучинского района "" Тогучинский детский сад №2" в форме присоединения к нему МБДОУ Тогучинского района" Тогучинский детский сад №3" и" МКДОУ Тогучинского района " Тогучинский детский сад №4".
На основании постановления администрации Тогучинского района Новосибирской области от 24.01.2017 № 23 "" О создании МКДОУ Тогучинского района " Тогучинский детский сад №2 путем изменения типа МБДОУ Тогучинского района" Тогучинский детский сад №2" учреждение переименовано в МКДОУ Тогучинского района " Тогучинский детский сад № 2".